海辺の小さな町 海に棲むさかなの子ポニョが、人間の宗介と一緒に生きたいと我儘をつらぬき通す物語。
同時に、5歳の宗介が約束を守りぬく物語でもある。
アンデルセンの「人魚姫」を今日の日本に舞台を移し、キリスト教色を払拭して、幼い子 供達の愛と冒険を描く。
少年と少女、愛と責任、海と生命。
神経症と不安の時代に、宮崎駿がためらわずに描く、母と子の物語。

崖の上の一軒家に住む5歳の少年・宗介は、ある日、クラゲに乗って家出したさかなの子・ポニョと出会う。

宗介のことを好きになるポニョ。
宗介もポニョを好きになる。
「ぼくが守ってあげるからね」
しかし、かつて人間を辞め、海の住人となった父・フジモトによって、ポニョは海の中へと連れ戻されてしまう。

アタマをジャムの瓶に突っ込んで困っていたところを、宗介に助けてもらったのだ。